Ülo Maiväli õpetus ribosomoloogia üliõpilastele kursakate kirjutamiseks
Kursakas koosneb järgnevatest osadest:
1. Tiitelleht ja sisukord vt näidist
3. Lühendid: Siia pole mõtet kirjutada lühendite seletusi, mida iga potentsiaalne lugeja niigi teab. Ehk teisisõnu, kui lugeja ei tea, mis asi on DNA, RNA, mRNA ja tRNA, ei saa ta su tööst niikuinii aru. Muidu märkida üles kõik lühendid, mida tekstis kasutatud- erandiks võivad olla geeninimede lühendid, mida sageli kasutatakse pärisnimedena (näit TBP, Hsp90).
4. Sissejuhatus peab andma tööle üldisema tausta, paigutama selle suure teaduse konteksti. Kasutage selles peatükis võimalikult vähe viiteid- parem kui üldse mitte. Seega on sissejuhatus lühike essee (ca 1 lk) oma laiema uurimissuuna suurest tähtsusest.
5. Kirjanduse ülevaade. Siin pöörata tähelepanu viitamisele. Rusikareeglina ei tule viidata andmetele, mida võib leida suvalisest õpikust. Muidu viidake pigem rohkem kui vähem. Konkreetsetele väidetele, mida te ise pole põhjendanud, peab järgnema viide! Viidata tuleb ka oma juhendaja poolt saadud originaaltulemustele (Juhendaja, suulised andmed). Vältige viitamast artikleid, mida teil füüsiliselt ei ole. Selle asemel võite viidata relevantsele ülevaatele (ülevaade ja selle viited). Muidu tuleb eelistada viitamist eksperimentaalsetele töödele, kusjuures prioriteetsed viited on need, mille osutatud artiklid on antud teema kohta esimestena ilmunud. Tasub vaadata teiste inimeste artiklitest, millised on õiged viited üldkasutatavate meetodite kohta.
6. Materjal ja metoodika. Lugege üles kasutatud ensüümid ja tähtsamad kemikaalid koos firmade nimedega kes need tootnud on. Kasutatud tüvede kohta peavad olema nii viited kui standardsed tüvede kirjeldused (relevantne genotüüp). Sama kehtib plasmiidide kohta. Plasmiidid, mis te olete ise kloneerinud võiksid olla siin kirjeldatud koos kloneerimise detailidega k.a. puhvrid, reaktsioonimahud- ja ajad. Üldjuhul on soovitav enda tehtud kloneerimisi ka tulemuste osas käsitleda. Materjali ja meetodite peatükis peavad olema antud eksperimendikirjeldused viisil, mis võimaldaksid täpselt antud katset korrata- see on tähtis abimaterjal ka teile endile! Meetodeid, mille kohta on täpne kirjeldus mõnes eksperimentaalses artiklis, tuleb viidata. Reeglina ei anna viitamine õigustust jätta meetod detailselt lahti kirjutamata. Viitamisega võib reeglina piirduda kui kirjeldatakse kommertsiaalsete kittide protokolle, samuti väga üldkasutatavate protokollide puhul kus viide on reeglina “Maniatise laborimanuaalile”. Näit bakteri kasvatamine LB söötmes, DNA eraldamine aluselise lüüsiga.
Puhvrite koostised anda 1X puhvri komponentide molaarsustena, lisada reaktsiooni lõppmaht. Ensüümide kogused avaldada võimaluse korral aktiivsuste kaudu- s.o. ühikutena reaktsiooni kohta. Radioaktiivselt märgitud substraatide kohta anda eriaktiivsused. Kõik materjalid, tüved ja plasmiidid, mille olete saanud tasuta ehk kingina teistelt teadlastelt (muidugi mitte oma grupist) tuleb eraldi tänuga viidata kui lahket kinki. Oluline on kirja panna mitte ainult lahke kinkija nimi vaid ka koduülikool (aadressi pole vaja).
7. Töö eesmärk. Töö eesmärgiks ei ole teha neid katseid, mida te tegite vaid nende abil midagi teada saada. VALE LÄHENEMINE: “Töö eesmärgiks oli kloneerida vektor, mis sisaldab x geeni y promootori all.” Eelnev on eksperimentaalne vahend eesmärgi saavutamiseks. ÕIGE LÄHENEMINE: “Töö eesmärgiks oli luua eksperimentaalne süsteem .... probleemi uurimiseks.”
Lisaks tuleb eraldi välja tuua töö konkreetsed eksperimentaalsed ülesanded. Kui võimalik, siis välja tuua ka hüpoteesid, mille kontrollimiseks on katsed ette võetud.
8. Tulemused ja arutelu. Tulemused on kasulik jagada alapeatükkideks kus reeglina iga alapeatükk kajastab ühte eksperimenti/joonist. Iga alapeatüki saab tinglikult jagada viide ossa.
1. (valikuline) Miks järgnev katse on ette võetud? Näit. "Kuna rakuvabas lüsaadis ei õnnestunud x mRNAd detekteerida, otsustasime kontrollida selle lüsaadi nukleaaset aktiivsust."
2. Mida siin uuritakse. Näit. "Selleks otsustasime kontrolida meie mRNA stabiilsust antud lüsaadis."
3. Mis eksperiment on läbi viidud? Näit "Me inkubeerisime radioaktiivselt märgitud mRNAd lüsaadi juuresolekul 0, 5 ja 10 minutit ning lahutasime RNA fragmendid 15% PAAG-s. Tulemus visualiseeriti autorediograafiaga."
4. Mis tulemuse andis eksperiment? Näit "Lüsaadi juuresolekul inkubeeritud mRNA puhul tekisid heterogeensed RNA fragmendid juba 5 min jooksul."
5. Mis on katse tulemus? Näit "Järelikult ei ole meil võimalik rakuvabas lüsaadis oma katset teha." (Siit võib hõlpsalt minna järgmisele ringile: "Sellega seoses otsustasime me sooritada katse puhastatud süsteemis.")
Moraal: ei tohi segi ajada eesmärki ja abinõud. Eksperimendi toortulemus on abinõu, mille tõlgendus on eesmärgiks (katse tulemus). Eksperimendi tulemus käib üksiku katse kohta, tõlgendus on aga üldistus mingit tüüpi olukordade seletamiseks.
Jooniste allkirjad peavad sisaldama kolme punkti (alati). 1. Mis katse on tehtud. Näit "Joonis1. mRNA stabiilsuse uurimine rakuvabas lüsaadis." 2. Mis eksperiment on tehtud. Näit vt ülalpool. 3. Kõigi radade, sümbolite, telgede tähistuste jm seletused. Joonis peab üldjoontes olema arusaadav ilma põhiteksti lugemata!
Diskussioon. Seda osa ei oska te niikuinii hästi kirjutada, tehke siis vähemalt lühidalt. Idee järgi peaksite te saadud tulemused paigutama laiemasse konteksti ja ühtlasi näitama, milliseid julgeid (ja mitte tingimata paljude faktide poolt kinnitatuid) järeldusi te oma tulemustest teha oskate. Järeldusi, mida te teete tulemuste osas, peate te ise uskuma. Kui need valeks osutuvad, on see teie teaduslikule usaldusväärsusele paras põnts. Diskussiooni osas on lihtsalt oluline, et lugeja saaks aru, milliste argumentide abil te olete oma julgematele järeldustele (spekulatsioonidele) jõudnud. Siis saab igaüks ise otsutada kui tõsiselt ta neid võtab. Veelkord: huvitav diskussiooni peatükk on eksperimentaalsetes artiklites harv nähtus.
Kirjanduse loetelu. Andke viidetes kindlasti ka pealkirjad, teie töös on piisavalt ruumi, et see ära trükkida. Kontrollige kirjutamise lõpus kas kõik viited, mis tekstis esinevad, on ikka loetelus olemas. Nüüd tehke vastupidi, vaadake kas loetelus on mõni viide, mida tekstis ei ole. Kasutage Endnote-i, see on kokkuvõttes kiirem ja täpsem kui käsitsi teha.
Lisad. Sinna tabelid ja joonised, mis on liiga suured, et neid teksti vahele paigutada. Näiteks, kui tahate avaldada suure hulga toorandmeid või pikki järjestusi.