Nagu koolis õpetatud, on valkude struktuurseks, funktsionaalseks ja evolutsiooniliseks ühikuks valgu domeenid. Struktuurne bioinformaatika on bioinformaatika haru, mis tegeleb bioloogiliste makromolekulide struktuuri analüüsi ja ennustamisega. Üheks struktuurse bioinformaatika eesmärgiks on lahendada bioloogilisi probleeme (eriti neid, mis on seotud bioloogiliste makromolekulide struktuuriga) ja luua uut teadmist antud valdkonnas (teiseks eesmärgiks on struktuuride analüüsimise, ennustamise ja haldamise tarkvaraliste platvormide loomine).

Viirused kui patogeenid on meile kõigile tuntud ning neil on oluline roll eluslooduse vormumisel. Viirusosakeste arvu meie planeedil on hinnatud umbes suurusjärgu võrra suuremaks rakkude arvust. Seega toimub pidev viirusliku geneetilise materjali “läbivool” organismidest. Viimasel paaril aastal avaldatud tulemused näitavad, et üht-teist jääb sellest rakkudesse maha ka. Igatahes on selge, et valkude evolutsiooni uurimisel tuleb kindlasti vaatluse alla võtta ka virosfäär. Viirused evolutsioneeruvad üldjuhul oluliselt kiiremini kui nende peremeesorganism (kuni mitu suurusjärku kiiremini) ja seega võib järjestuste sarnasus kaduda väga kiiresti. Kuid on teada, et struktuur on konserveerunum kui järjestus. Seega on struktuurset informatsiooni arvesse võttes võimalik uurida ajalises sügavuses hoopis kaugemaid protsesse kui ainult järjestustega töötades (eriti viiruste puhul).

Eelpool toodud lähtekohtadest tulenevad ka võimalikud uurimisteemad. Olgu mõned siinkohal ka ära toodud:

a) Viiruste valgudomeenide evolutsiooniline ajalugu (kes, kellelt ja millal domeene laenas) ehk viiruste sugukondade fülogenees.

b) V2H ülekanne (siire). Kas ja kui palju viiruslikke valgudomeene on kinnistunud peremeesorganismides.

c) Struktuuripõhine valkude (re)-disain – in silico ja in vivo.